O Supremo Tribunal Federal também avançou nos esforços de aprimorar a transparência e a rastreabilidade das emendas parlamentares, além de provocar investigações e auditorias, com foco na detecção de corrupção e desvio de recursos. Em janeiro, o ministro Flávio Dino determinou que o Ministério da Educação, a Controladoria-Geral da União (CGU) e a Advocacia-Geral da União (AGU) publicassem normas para a prestação de contas de recursos direcionados por emendas parlamentares federais. A decisão respondia à constatação da CGU de que 13 das 33 entidades educacionais mais beneficiadas por transferências em 2024 não cumpriam requisitos mínimos de transparência.
Em fevereiro, Dino determinou que a CGU auditasse cerca de R$ 469 milhões em emendas liberadas em 2024 sem plano de trabalho cadastrado. Também demandou que o Tribunal de Contas da União (TCU) verificasse se os planos aprovados foram executados corretamente, com o objetivo de reforçar a transparência e impedir repasses sem controle ou justificativa concreta.
Ainda no mês de fevereiro, em uma resposta mais estrutural, o STF homologou um plano conjunto entre Executivo e Legislativo para ampliar a transparência e a rastreabilidade dos recursos. Esse plano determinou a divulgação padronizada de dados, como autoria, beneficiários, execução e documentos comprobatórios das emendas, buscando pôr fim às brechas herdadas do chamado “orçamento secreto”. Em março, Dino elevou o nível de vigilância ao cobrar explicações do Congresso e da AGU sobre uma resolução que permitiria ocultar a autoria de emendas de comissão. Para o ministro, a norma poderia recriar mecanismos de distribuição sem transparência, contrariando o modelo homologado pelo STF. Com isso, mostrou que a Corte manteria supervisão ativa so bre eventuais tentativas de retrocesso no controle das emendas.
Em abril, a PGR denunciou ao STF o então ministro das Comunicações, Juscelino Filho, acusando-o de participar de um esquema de desvio de emendas parlamentares que ele havia indicado quando era deputado federal. O processo está sob a relatoria do ministro Dino, que deverá decidir se aceita a acusação e transforma o caso em ação penal. Dada a gravidade das acusações, chama atenção que Juscelino Filho tenha pedido demissão do cargo apenas após a denúncia. A demora em sair do governo contraria promessa feita por Lula em seus primeiros dias de mandato, quando afirmou que não manteria ministros que fizessem “errado”.
Em agosto, Dino determinou a abertura de inquérito da Polícia Federal para apurar o destino de 964 emendas parlamentares individuais de transferência especial — as chamadas “emendas pix” — que totalizam cerca de R$ 694,6 milhões repassados entre 2020 e 2024 sem o devido cadastro de plano de trabalho, requisito que o próprio STF havia fixado para garantir transparência e rastreabilidade. Além disso, o ministro deu prazo de dez dias para o TCU identificar quais emendas correspondiam a esses planos não cadastrados e encaminhar os dados às superintendências estaduais da PF, para possível instauração de inquéritos. A medida também incluiu a suspensão de novos repasses de “emendas pix” a municípios com indícios de irregularidade, numa tentativa de coibir desvios e aumentar a transparência.
Em outubro de 2025, o STF atendeu a pedidos da Transparência Internacional – Brasil, da Transparência Brasil e da Associação Contas Abertas e decidiu que Estados, o Distrito Federal e municípios devem obrigatoriamente adotar um modelo de transparência e rastreabilidade para emendas parlamentares, atendendo às mesmas exigências impostas no âmbito federal. Estes pedidos partiram de um diagnóstico realizado pela Transparência Internacional – Brasil sobre a reprodução do modelo de emendas parlamentares opacas e com recursos cada vez maiores nos níveis subnacionais. Foram substanciados, ainda, por dados do Índice de Transparência e Governança Pública, publicado no mês anterior, que evidenciaram graves déficits de transparência na execução de emendas parlamentares nos Estados e municípios. A partir de 1º de janeiro de 2026, a execução dessas emendas subnacionais ficará condicionada à adequação das leis locais e à comprovação diante dos órgãos de controle de que os critérios de publicidade, origem e destinação foram respeitados.
Segundo o ministro Dino, o conjunto dessas ações teria resultado em uma expansão da transparência e da rastreabilidade das emendas parlamentares no país. Com mais de 40 inquéritos em andamento, o ministro afirmou que ainda aguarda respostas da União e do TCU sobre como serão analisadas as prestações de contas de mais de 40 mil emendas executadas em 2024. Além disso, em dezembro de 2025, o ministro concedeu liminar sus pendendo um trecho de projeto de lei que tentava revalidar os restos a pagar associados às emendas de relator. De acordo com o ministro, a medida violava o devido processo orçamentário, a responsabilidade fiscal e decisões já consolidadas do STF sobre o tema.
O Legislativo reagiu fortemente à gradual imposição de medidas sobre o uso de emendas, chegando a considerar formas de anistia, a tentar contornar decisões do STF e até a ameaçar retaliar a Corte. No final de 2025, Dino sinalizou aos colegas de Corte que, sem apoio interno, não seria possível sustentar as investigações em curso. Pouco depois, sinalizou que, em 2026, pretendia ampliar o controle sobre as emendas, incluindo as de pagamento obrigatório. Com isso, jogou luz sobre as pressões que tem sofrido, especialmente do Congresso, e o temor de uma tentativa de impeachment por sua atuação no tema.