Em 2025, o MPF abriu inquéritos contra ao menos 50 prefeituras de Minas Gerais, Rio Grande do Sul, Paraíba, Bahia, Mato Grosso, Maranhão e Alagoas, envolvendo suspeitas de desvio de finalidade, ausência de plano de trabalho, pagamentos sem comprovação e direcionamento político de recursos de emendas parlamentares — sobretudo das emendas pix. Um caso emblemático envolveu uma emenda de R$ 1,3 milhão enviada por um deputado a uma vereadora no Rio Grande do Sul que era sua noiva.
Além desse caso, o MPF apura o possível desvio de recursos de emendas em diversos outros episódios. Em São Paulo, há indícios de que uma emenda de R$ 2 milhões usada em uma obra no município de Elias Fausto tenha sido malversada; na cidade de Ribeirão Corrente, o MPF investiga uma emenda de R$ 200 mil que deveria ser destinada à compra de equipamentos para a Casa da Mulher Paulista, mas foi empregada na aquisição de itens esportivo e construção de um centro recreativo. A PGR também denunciou três deputados do PL pela comercialização de emendas parlamentares, negociando com possíveis destinatários os valores e as contrapartidas esperadas. Por fim, o MPF ainda apurou esquemas de propina em obras custeadas por emendas em Patos (PB), cidade de Hugo Motta.
Outro eixo central foi a fiscalização dos recursos federais na educação, especialmente do Fundeb e do antigo Fundef. O MPF investigou desvio e má gestão de verbas educacionais em Alagoas, Bahia, Mato Grosso, Maranhão e Piauí, com apurações sobre remessas irregulares, contratos suspeitos, ausência de prestação de contas e favorecimento de empresas. No caso de Alagoas, o governo deixou de divulgar o destino de mais de R$ 300 milhões em recursos do Fundeb, em descumprimento de acordo firmado com o MPF. Já na Bahia, o MPF suspeita do desvio de R$ 10 milhões do Fundef no município de Biritinga e de um possível superfaturamento de projetores multimídia em Salvador. No Maranhão, procuradores abriram investigação contra o prefeito de Timon pelo superfaturamento de kits escolares, e obtiveram a condenação de um ex-prefeito de Pedro do Rosário por desvio de recursos do transporte escolar. Também foi aberto inquérito específico sobre verbas destinadas a creches em Recife, investigando o uso de recursos do Programa Proinfância. Nesse sentido, o MPF ampliou a atuação conjunta com o Tribunal de Contas da União para reforçar a transparência na gestão nacional de recursos da educação.
O MPF também avançou em outras investigações de ilícitos administrativos e penais praticados por agentes políticos. Abriu inquérito contra o presidente do PT em Alagoas por improbidade e nepotismo no diretório estadual e iniciou uma apuração sobre o sumiço de R$ 2 milhões em verbas da saúde na prefeitura de Carmópolis de Minas (MG).
Em um caso de maior visibilidade, o MPF iniciou investigação de um possível esquema de “rachadinha” no gabinete do presidente da Câmara dos Deputados, Hugo Motta, apontando que sua chefe de gabinete detinha amplos poderes para movimentar recursos salariais de servidores. Em outro caso polêmico, abriu inquérito para investigar a falta de transparência em atos da Presidência da República, especialmente gastos envolvendo a primeira-dama Janja Lula da Silva e outros familiares do presidente, bem como despesas de alimentação e de transporte.
No campo dos crimes financeiros e da corrupção envolvendo agências e empresas federais, o MPF denunciou 13 ex-executivos da Americanas por fraudes contábeis bilionárias, após investigação da Polícia Federal. Também obteve a condenação de um empresário e de um ex-diretor da Petrobras por corrupção e lavagem de dinheiro. O MPF também denunciou uma organização acusada de fraudar em cerca de R$ 145 milhões leilões da Aneel, com manipulação de preços e conluio empresarial. Por fim, o MPF abriu investigação sobre a tentativa de compra do Banco Master pelo BRB, diante da possibilidade de crimes contra o sistema financeiro.
A atuação contra o crime organizado ganhou destaque com a denúncia de Willian Aguti, chamado de “concierge do crime”. Acusado de atuar como elo entre a cúpula do PCC e a máfia italiana, ele teria o papel de facilitar operações financeiras e logísticas, inclusive alugando aviões, carros e artigos de luxo para membros da facção. O MPF apontou o uso de estruturas empresariais e aparentemente legais para lavagem de dinheiro e expansão transnacional do crime organizado, numa rede criminosa de alta sofisticação que envolvia países como Moçambique, Bélgica e Espanha. Em outra ação referente ao PCC, o MPF indicou que Curitiba teria se tornado um núcleo de lavagem de dinheiro, com uso de empresas de fachada na produção, adulteração e venda de combustíveis.
Na área ambiental, o MPF intensificou ações contra o garimpo ilegal na Amazônia, recomendando ao Ibama o registro detalhado de infrações em operações no Amazonas, Rondônia e Roraima, de modo a facilitar a apuração de possíveis crimes. Em Alagoas, o MPF denunciou a Braskem e 15 pessoas por crimes ligados à mineração de sal-gema em Maceió, que gerou o afundamento de bairros e o deslocamento forçado de moradores da cidade. No Piauí, o MPF ajuizou ação civil pública contra uma empresa que teria expandido sua propriedade e passado a controlar 82% de uma área ambientalmente protegida, em um caso claro de grilagem de terras. Ainda ampliou investigações sobre os impactos da exploração de petróleo na foz do Amazonas, indicando possíveis efeitos negativos sobre a pesca em área mais extensa do que a inicialmente considerada. Esse desdobramento ocorre no âmbito de um inquérito civil que investiga a violação de direitos de povos indígenas em Oiapoque (AP).
No campo da prevenção, o Conselho Nacional do Ministério Público publicou diretrizes para orientar a atuação do Ministério Público na defesa da probidade administrativa e na implantação de programas de integridade. Já na relação com outras instituições para punir e corrigir outros ilícitos, o MPF firmou parcerias e protocolos com o Cade, a CGU e a AGU para coordenar a celebração de acordos de leniência. Com o Cade, busca intensificar o combate a cartéis, com trocas de informação e aprimoramento de técnicas investigativas. Por sua vez, na relação com a CGU e a AGU, a iniciativa ocorre no contexto de fragilização judicial de acordos da Lava Jato e busca por novos estímulos à celebração de acordos de leniência. Os três órgãos firmaram um protocolo de atuação coordenada para a negociação, assinatura e execução de acordos, buscando encerrar disputas institucionais que marcaram os últimos anos. O protocolo estabelece que os três órgãos devem atuar de forma articulada desde o início das negociações, com compartilhamento de informações, definição conjunta de parâmetros e tentativa de convergência, evitando tratativas paralelas. Define, ainda, regras comuns para cálculo de valores, reparação de danos e cumprimento de obrigações, evitando sobreposição de sanções e multas.
